Realizując swoje cele statutowe, PTSJ organizuje i współorganizuje krajowe i międzynarodowe konferencje, sesje i warsztaty naukowe. Dotychczas organizowaliśmy lub współorganizowaliśmy wydarzeń naukowe we współpracy z następującymi organizacjami: Instytut Judaistyki UJ, JCC Kraków, Żydowski Instytut Historyczny, Muzeum Historii Żydów Polskich POLIN, Katolicki Uniwersytet Lubelski, European Association for Jewish Studies.